Universitas Negeri Padang (UNP) adalah hasil perubahan IKIP Padang menjadi universitas, yang pada mulanya bernama Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG), semenjak didirikan pada tanggal 1 September 1954 telah mengalami banyak perubahan. Dalam sejarah perkembangannya perubahan-perubahan yang terjadi meliputi bukan saja nama dan tempat kedudukannya tetapi juga status serta program-program pendidikan yang dikembangkannya, sesuai dengan kebijakan pemerintah untuk memenuhi tuntutan perkembangan pendidikan di tanah air. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam adalah salah satu Fakultas yang ada di UNP, yang dahulunya dinamakan Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE) yang didirikan pada tahun 1964. Pada tahun 1965 FKIE membuka beberapa jurusan yaitu Jurusan Ilmu Pasti, Jurusan Ilmu Hayat, Jurusan Ilmu Alam, dan Jurusan Ilmu Kimia. Dengan Keputusan Mendikbud 14 Maret 1983 ditetapkan nama FKIE diganti dengan Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA). Perubahan nama IKIP Padang menjadi Universitas Negeri Padang (UNP) ditetapkan dengan Kepres Nomor 93 tahun 1999 tanggal 24 Agustus 1999, Namun sejak tahun akademik 1997/998, UNP telah mulai menyelenggarakan berbagai program studi non kependidikan sebagai perluasan mandat yang diberikan pemerintah, melalui surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdikbud No. 1884/D/I/1997. tanggal 1 Agustus 1997. Dengan perubahan tersebut maka FPMIPA diganti dengan FMIPA yang pada saat ini mempunyai tujuh Departemen yang terdiri dari empat belas Program Studi (Prodi) sebagai berikut:
1. Departemen Matematika dengan Prodi:
a. Program S1 Pendidikan Matematika
b. Program S1 Matematika
2. Departemen Biologi dengan Prodi:
a. Program S1 Pendidikan Biologi
b. Program S1 Biologi
3. Departemen Fisika dengan Prodi :
a. Program S1 Pendidikan Fisika
b. Program S1 Fisika
4. Departemen Kimia dengan Prodi :
a. Program S1 Pendidikan Kimia
b. Program S1 Kimia
5. Departemen Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam dengan Prodi :
a. Program S1 Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam
6. Departemen Statistika dengan Prodi :
a. Program S1 Statistika
b. Program DIII Statistika
7. Departemen Agroindustri dengan Prodi :
a. Program S1 Agribisnis
b. Program S1 Agroteknologi
c. Program S1 Peternakan